Zur Desinfektion von mikrobiologisch kontaminierten Trinkwassersystemen stehen verschiedene Verfahren zur Verfügung. Prinzipiell unterscheidet man zwischen physikalischer und chemischer Desinfektion. Ziel der Desinfektion ist die Abtötung respektive die irreversible Inaktivierung von krankheitserregenden Keimen in und an kontaminierten Objekten. Für Trinkwasser und Trinkwassersysteme muss das Desinfektionsverfahren alle pathogenen Keime (Bakterien, Sporen, Pilze, Viren etc.) zuverlässig abtöten. Das angewendete Verfahren muss aber gleichzeitig mit der Trinkwasserverordnung und dem Infektionsschutzgesetz in Einklang stehen. 
                                                 
Das gewählte Desinfektionsverfahren muss eine schnelle irreversible Inaktivierung aller pathogenen Keime ohne eine Gefährdung für den Menschen und seine Gesundheit darstellen. Für die Desinfektion muss das Trinkwassersystem außer Betrieb genommen werden. Das bedeutet, der Betreiber der Einrichtung muss Sorge tragen, dass während der Desinfektionsmaßnahme kein Wasser aus dem Leitungssystem entnommen wird. 
Bei Neuinstallationen kann durch die Auswahl der Werkstoffe und eine sorgfältige Installation unter Berücksichtigung aller hygienischen Anforderungen die Gefahr der Bildung von Biofilmen erheblich minimiert werden. Bestehende Installationssysteme die bereits stark mit Biofilmen besiedelt sind müssen zur Vermeidung von Gesundheitsrisiken entweder desinfiziert oder im Zweifelsfalle durch Sanierungsarbeiten in einen "ordnungsgemäßen / hygienischen" Zustand versetzt werden.